产业园作为一种政府搭台、企业唱戏的组织形式，在各地区的管理模式和运作模式上具有很大的差别。
管理模式之别
从开发区的管理模式上看产业园，可分为行政主导型、公司治理型和混合型三种管理模式。
行政主导型在开发区建设的早期比较常见，那时候很多产业园具有很强的政府宏观调控职能，由政 府主导进行建设初期的资源投入和规划，在园区建成后也是实行行政管理和服务职能。
行政主导型还可以细分为两种小模式，横向协调型和集中管理型。
横向协调型是由所在城市的政府全面领导园区的建设与管理，设置管理委员会，成员由原政府的行业或主管部门主要负责人组成，园区内各类企业的行业管理和日常管理仍由原行业主管部门履行，管委会只负责在各部门之间进行协调，不直接参与开发区的日常建设管理和经营管理。所在区县政府负责园区内的公安、消防、卫生、网点等的管理。园区管委会其实也是政府部门，具有相应的级别，对政府其他相关部门进行横向协调时也是使用政府公务员级别身份。
比横向协调型出现稍晚的是集中管理型。由市政府在园区内设立专门的派出机构——管委会，负责全面管理园区的建设和发展，具有较大的经济管理权限和相应的行政职能。管委会可自行设置规划、土地、项目审批、财政、税务、劳动人事、工商行政等部门，可享受城市的各级管理部门的权限，同时也接受主管部门必要的指导和制约，体现了“小政府、大社会”的特点。这种方式给予了管委会更大的职权，与相关管理部门的很多协调工作变成了直接管理事务，提高了园区的管理效率。但问题是管委会的政府色彩更加浓厚，一些需要企业运作的事情基本不可能实行。
行政主导型产业园的特点是产业园的政府性质非常浓厚，具备很强的行政职能。园区内的税务、公安、工商、劳动人事等政府职能均由园区管委会进行管理。园区的开发、管理问题解决了，但是园区的发展问题却显得薄弱。随着中国经济发展的变化，开始出现了一些更具公司管理特征的园区。
公司治理型又被称为企业型管理模式。这种管理模式主要是以企业作为开发区的开发者与管理者。目前在县、乡(镇)级的开发区和高新区中使用的较多。县、乡政府并不设立派出机构，而是通过建立开发公司作为经济法人，组织园区内的经济活动，并承担部分政府职能，如协调职能等。总公司直接向所在地区政府负责，实行承包经营，担负土地开发、项目招标、建设管理、企业管理、行业管理和规划管理等职能，而园区的其他管理事务，如劳动人事、财政税收、工商行政、公共安全等，主要还是依靠政府的相关职能部门。把政府职能还给政府，成立投资公司进行园区投资、开发、管理。这种管理模式的特点是职能清晰，规避了政府和企业双重身份的问题。
行政主导型与公司治理型其实是两种相对极端的状况，我们更常见的是混合型模式，政府部门既设立了园区管委会，又成立了投资开发公司，管委会负责政府行政管理职能，投资开发公司负责企业运作职能。混合模式设立的方式也非常复杂，有管委会下设投资公司的模式，也有管委会和投资公司平级设立的模式。
园区管理模式大趋势是在走企业化的方向，招商引资，和企业一起搭台、一起唱戏。然而目前还没有一种确定的管理模式作为最优的方式。其中混合管理模式比较多见，但是混合管理模式之中管委会和投资公司又采用什么结构设立也是值得思考的问题。
运作模式之异
政府部门在对园区进行不同定位的同时，园区也会产生五种不同的运作模式。
1、政府运作模式
这里的政府运作模式与前面所说的行政主导型园区有关联，但却是不同概念。政府运作模式往往在行政主导型园区比较常见，园区由政府投资开发，园区为入驻的公司提供一些税务代理、行政事务代理的服务，然后收取一些服务费用，同时政府部门也会给园区一些招商代理费用和税费收取的优惠。政府运作模式适合于一些规模小，管理简单的园区。对于一些大型的园区，这样的运作模式无法保证园区的长期运作。广州天河软件园就属于这类运作模式。
2、投资运作模式
投资运作模式是通过政府投资建设园区，然后通过房租、固定资产等作为合作资产，孵化有发展潜力的中小企业，在企业获得成长后引入外部战略投资者或上市，实现资产增值并收回投资。这是一种长期投资的理念，园区在中短期很难有可见的回报，但是对于一个区域的经济发展具有很强的推动作用，因为园区的发展是建立在企业投资成功的基础上的。浦东软件园就属于这一模式。
3、服务运作模式
随着经济的发展，只是投资还是不能满足很多企业的需要，很多企业对园区的服务环境提出了更多的要求。在这个基础上出现了服务运作模式的园区。园区为入驻企业提供人才招聘、人才派遣、信息提供等软服务，为企业提供更佳的生存发展环境。服务运作模式强化了园区与企业的合作，增加了园区的收入渠道。杭州软件园就属于这一类运作模式。
4、土地盈利模式
随着近十年中国房地产市场的热起，土地增值的盈利能力远远超过了很多行业的盈利水平。一些园区获得了土地收储、初步开发、拍卖的功能，所以一些园区通过控制大面积的土地，在进行初步开发后，短期内提升土地的价值，然后进行地产开发或转让。这种模式更像一个有规划的地产开发商，获利能力非常的强大，同时也为园区后期的开发奠定了雄厚的财力基础。这方面做的比较好的是中关村软件园。
5、产业运作模式
一些重要的开发区其实承担了调节、完善、强化区域产业链运作的作用，园区设立的目的就是要做一个产业链，比如一些新能源产业园、创意产业园、物流产业园等，这些产业园在投资初期就会进行招商引资，引入企业资本一起搭台，然而园区也做好了与企业一起唱戏的准备。园区会对一些有实力的入驻企业进行投资，甚至直接投资一个全资公司在园区内运作一个重要的产业项目。这种运作模式的产业园往往要具备三种职能：行政职能、服务职能和企业投资运作职能。对园区的管理能力和运作能力都提出了很强的要求。例如重庆的两江国家开发区，规划多个产业一起运作，有招商、有投资、有独资，运作复杂，然而一旦建成将在很大的区域内形成压倒性的产业优势。